1.序列相似性比较和序列同源性分析

        序列相似性比较：将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于找出与此序列相似的已知序列。完成这一步只需要两两序列比对的算法。例如:BLAST、FASTA。

        序列同源性分析: 将待研究序列与一组与之同源，但来自不同物种的序列进行多序列比较，以确定该序列与其他序列间的同源性大小。完成这一步需要多序列比对算法。例如:Clustal。

2.序列同源性分析(多序列比对)的意义

1. 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif,保守区域。

2. 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。

3. 其他：构建profile、打分矩阵。

3.Clustal简介

        Clustal是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反映序列之间两两关系。然后根据距离矩阵计算产生的系统进化树，对关系密切的序列进行加权。然后从最密切的两条序列开始，逐步引入邻近的序列并不断重新构建对比，直到所有序列都被加入。

3.1ClustalW软件的下载和使用

        软件下载:http://www.clustal.org/download/current/ 

        由于多序列比对所要的时间较长，下面以linux服务器为例进行介绍( clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz )。

#解压并上传cd /usr/hx/clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic                          #cd到clustalw所在文件夹