以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！

如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript

大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图，现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享，希望对大家的科研工作有所帮助，效果图如下：

1. 在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列，本例分别采用PDB ID为3L3U和3OYA的蛋白质序列的A链作比对，并得到序列比对图；
2. 打开ClustalW网站，采用Clustal算法进行序列比对，输入格式如下，点击Execute Multiple Alignment进行序列比对；

3、比对完成后，会自动弹出结果页面，点击clustalw.aln下载该序列比对文件，该文件即包含了两个序列的比对结果；

4、打开ENDscript/ESPript网站对序列比对结果进行作图，点击选择文件上传得到的clustalw.aln文件，再点击页面顶部的SUBMIT按钮即可，注意在该页面的底部可以选择输出的文件类型以及图片格式，主要有.png和.TIF格式的图片，两种格式的图片都可以作为文章发表；

5、完成后，会自动弹出结果页面，本文只勾选了pdf文档，因此只输出了以下两个文件，随便哪一个都可以打开；

6、最终得到额结果文件内容如下，可以采用PS等图形处理软件进行处理和加工，比如缩小两行序列之间的间距等。

备注：

1. 通过ClustalW工具得到的序列比对文件不一定正确，毕竟只是人设计的软件，不能代替人，可以手动调整序列，使其匹配程度更高；
2. 很多情况下，大家会遇到点击Submit后，浏览器并没有弹出结果文件的页面，这时需要将ENDscript/ESPript 网站添加到可信任站点里面，或者白名单，以猎豹浏览器为例，打开浏览器的选项/设置，选择广告过滤，将http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi 添加到例外里面，并去掉浏览器的弹出广告拦截即可。

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